历史沿革：农业微生物种质发掘与利用江西省重点实验室（2024年1月）是在南昌市生物资源保护与利用重点实验室（2012年11月）建设的基础上，而后成立江西农业大学生物资源保护与利用研究所（2013年12月）， 发展成为菌物资源保护与利用江西省重点实验室（2017年6月），进而又经过独立重组而成，依托单位江西农业大学，挂靠校生物科学与工程学院。
研究目标：国家乡村振兴战略、供给侧结构性改革、大粮食观和江西农业经济社会发展需求，聚焦农业微生物种质资源多样性与保藏研究、农业微生物与宿主和环境互作机制解析以及种质创新研究、功能微生物扩繁与加工炼制产品开发研究等三个研究方向，构建农业微生物研发平台，培养我省农业微生物学科带头人、打造高水平的研究人才队伍，形成完备的农业微生物研究技术体系，实现农业微生物的品种培优、品质提升、品牌打造和标准化生产，促进我省农业微生物资源优势向经济优势的转化，提供我省乡村振兴强有力的科技支撑。
实验室组织架构和人员：实验室设立管理委员会和学术委员会，委托实验室主任牵头负责，遵循“开放、流动、竞争、联合”运行机制开展各项科技活动。实验室现有人员37人，其中固定人员32人，柔性引进人员5人。固定人员中有国家级人才1人，省级人才7人，中国菌物学会理事1人、中国中药协会生态农业专委会常务委员1人、江西省菌物学会副理事长2人、副秘书长1人、江西省中医药产教融合战略联盟副理事长1人，《生物灾害科学》、《中国抗生素杂志》编委2人。柔性引进人员中有国家级人才5人。固定人员中教授8人、副教授10人；博士学位人员29人。
承担的科技项目：现主持国家自然科学基金项目26项（其中面上项目3项，地区项目20项，青年项目3项），江西省自然科学基金项目8项（其中面上重点项目1项，青年项目7项）、重大重点研究计划项目8项（包括现代农业产业技术体系专项、科技创新平台项目、科技重点项目），人才支持项目7项，市厅科技项目13项（其中南昌市重点实验室和优势创新团队各1项，江西省教育厅项目11项）。
代表性科技成果：获得的科技奖项共计6项，其中江西省自然科学奖二、三等奖各1项、参与获得江西省科技进步奖一、二等奖各1项、华东地区优秀科技图书奖和第二届江西省优秀作品奖各1项。制定标准3项，获批登记新品种4个。第一发明人获授权发明专利13项，其中澳大利亚革新专利3项、中国国家发明专利10项，许可转化专利7项。发现大型真菌新属1属、新种30 种，中国新记录属1属、新记录种13种，江西省新记录种193种，植物新病原6种。第一或通讯作者发表学术论文97篇，其中国际顶级期刊论文26篇，出版专著3部。
