江西农业大学生物科学与工程学院制药工程专业设立于2009年，是在生工院生物工程、生物技术等专业基础上发展起来的新兴学科。该专业从2009年开始招收本科生。目前在校本科生300余名。2017年江西省普通高等学校本科专业综合评价排名第二名，2019年被批准为江西农业大学“十三五”校级重点建设专业。
制药工程专业教学科研设施完善，建立了面积达2000平米的校内教学实训基地，包括中试发酵车间、产品后处理车间、中间检测室、仪器室等。其中中试发酵车间装备了不锈钢全自动发酵罐15升至1000升各两套，产品后处理车配备了框过滤、膜过滤、真空干燥箱、压片机、制粒机、喷雾干燥机、柱层析等设备。
本专业现有专任教师11名，其中教授5名，讲师6名，博士生导师3名，硕士生导师5名；博士学位比例达100%。近三年本专业教师承担国家自然科学基金等各类项目15项；在国内外重要学术期刊发表SCI论文30余篇；申请发明专利4项，授权国家发明专利2项；获江西省自然科学二等奖等部省部级科技奖2项。近三年本专业学生参加大学生创新创业项目10余项，参与发表学术论文多篇。该专业学生近三年考研升学率维持在30%以上，每年均有毕业生考入国内著名高校和科研机构攻读硕（博）士研究生。毕业生初次就业率达90%以上。
本专业全面落实“立德树人”的根本任务，秉承“厚基础，宽口径，重实践，强素质”的指导思想，依托学院的生物与医药专业硕士学位点构建了“专业与学科、教学与科研、理论与实践”紧密结合、协调发展的格局；通过实施“传、带、帮、引”的导师制，形成了以培养人才为中心，以市场需求为导向，以质量求生存的办学理念和人才培养模式。实施“内外并举，优势互补”，建立校内外实习基地，形成与地方产业互惠互利、和谐发展的局面，毕业生的工程实践能力和创新素质获得省内外广泛认可。